Al estudiar los restos encontrados en Tutuquén se pudo concluir que el sitio fue utilizado durante tres periodos y por tres grupos culturales diferentes.

Primera Ocupación Arcaico I
Los restos de personas de este grupo, son los más antiguos del Sitio de Tutuquén y han sido datados en 10.000 a.C,
Segunda Ocupación Arcaico II
La segunda temporalidad se denomina Arcaico II, con restos humanos, entre los 5.000 a 6.000 a.C. aproximadamente
Lo más característico de esta etapa es que se comienza a vislumbrar una mayor cantidad de asentamientos en este territorio, desde la cordillera al mar.
Tercera Ocupación Alfarero Temprano
El tercer periodo está asociado a la aparición de la práctica de la alfarería y, los restos humanos de este grupo de Tutuquen, tienen fechas en torno al 950 d.C